1930年以后，國民黨逐步掌控全國，其法西斯統治面目也漸漸暴露：多次“圍剿”共產黨，對進步思想進行文化扼殺，在國民黨內部大搞法西斯專政。九一八事變之后，蔣介石堅持“攘外必先安內”、對日軍采取“不抵抗”政策，致使東北快速淪陷，引起了全國民眾的憤怒和反抗。蔣介石還大力培養特務組織鎮壓民主運動。一時間，整個社會處于惶恐之中，民眾安全毫無保障。

民族的危機，籠罩著每一個中國人。蔡元培厭惡蔣介石的濫殺政策，對“誅鋤異己”尤為反感。他著眼民族根本利益，不懼黨派限制，于1932年12月同宋慶齡、楊杏佛、林語堂等人成立中國民權保障同盟。該同盟是一個由各界人士組成的民間組織，宋慶齡擔任臨時委員會主席，蔡元培任副主席，楊杏佛擔任總干事，林語堂為宣傳主任。

同盟成立后最具影響的實績，在于營救“政治犯”方面。半年之間，經同盟營救的人士有：共產國際駐中國工作人員牛蘭夫婦，北京各校教授如許德珩等人，中國共產黨人陳獨秀，紅軍將領陳賡及其助手，全國總工會上海執行局羅登賢及其秘書，作家丁玲、潘梓年等，他們大多數因同盟的幫助而幸免于難。

對于中國民權保障同盟的做法，蔣介石大光其火，千方百計阻撓同盟活動，派特務威脅、投信恐嚇及揚言暗殺同盟負責人。國民黨特務真的出手殺害了楊杏佛。蔡元培不懼危險，趕到醫院和同盟辦公室處理、安排楊杏佛后事，極力追查兇手。特務隨后叫囂，在楊杏佛吊殮時，要暗殺蔡元培、魯迅等人。這些志士沒有退縮，仍去參加吊殮。追悼會上，蔡元培極度憤慨道：“蔡元培老矣，焉知不追隨先生以去？同人等當以先生之事業為事業，先生之精神為精神……”

周恩來曾這樣評價蔡元培：“從排滿到抗日戰爭，先生之志在民族革命；從‘五四’到人權同盟，先生之行在民主自由。”