農業部門

8. 農業轉基因生物安全評價費

質檢部門

9. 設備監理單位資格評審費

測繪地信部門

10. 測繪儀器檢測收費（不含按經營服務性收費管理的自愿委托檢測費）

11. 測繪產品質量監督檢驗費（不含按經營服務性收費管理的自愿委托檢驗費）

宗教部門

12. 清真食品認證費

（二）停征的涉企行政事業性收費（共23項）

國土資源部門

1. 地質成果資料費

環境保護部門

2. 城市放射性廢物送貯費

3. 登記費。包括：進口廢物環境保護審查登記費，化學品進口登記費

交通運輸部門

4. 船舶登記費

5. 船舶及船用產品設施檢驗費（中國籍非入級船舶法定檢驗費）

衛生計生部門

6. 衛生檢測費

7. 委托性衛生防疫服務費

水利部門

8. 河道工程修建維護管理費

9. 河道采砂管理費（含長江河道砂石資源費）

農業部門

10. 植物新品種保護權收費

11. 農藥、獸藥注冊登記費。包括：農藥登記費，進口獸藥注冊登記審批、發證收費

12. 檢驗檢測費。包括：新飼料、進口飼料添加劑質量復核檢驗費，飼料及飼料添加劑委托檢驗費，新獸藥、進口獸藥質量標準復核檢驗費，進出口獸藥檢驗費，獸藥委托檢驗費，農作物委托檢驗費，農機產品測試檢驗費，農業轉基因生物檢測費，漁業船舶和船用產品檢驗費